Informaatikaolümpiaad viiakse läbi kolmes voorus: koolivoor, piirkondlik voor ja lõpp-voor . Arvestust peetakse kahes vanuserühmas: kuni 10. klass ja 11.-12. klass .
Olümpiaadil tuleb lahendada algoritmilise iseloomuga ülesandeid, mille lahenduseks on programm keeles BASIC, Pascal või C/C++. Lahendusi hinnatakse programmi arvutis testimise teel. Hinnatakse ainult programmi töö tulemusi, mitte programmi teksti.
Koolivooru organiseerib olümpiaadikomisjon 16. jaanuaril 1999, XLVI koolide informaatika- ja matemaatikaõpetajate abiga koolides, kus on võimalus võistlus läbi viia ja selle korraldamiseks avaldatakse soovi. Vastavast soovist teatada Täppisteaduste kooli mitte hiljem kui 15. detsembriks 1998 . Võistlust korraldavate koolide nimekiri avaldatakse koolid -listis ja olympiaadid -listis hiljemalt 20. detsembril 1998 . Õpilased, kelle koolis võistlust ei korraldata, peavad osalemissoovi korral ise leidma kooli, kus võistlus toimub ja võivad kokkuleppel kohalike korraldajatega võistelda selles koolis. Ülesanded koostab üleriigilise olümpiaadi zürii ja ülesanded toimetatakse koolidesse vastavalt kokkuleppele kohapealsete korraldajatega. Lahendused saadetakse koolidest TÜ Täppisteaduste kooli (Tähe 4-143, Tartu 51010; tel : (27) 375-581 , e-mail: qnne@physic.ut.ee ), kus toimub nende kontrollimine. Hiljemalt 26. jaanuariks 1998 teatatakse tulemustest koolid -listis ja olympiaadid -listis.
Koolivooru tulemuste põhjal kutsutakse paremad lahendajad piirkondlikule voorule, mis toimub 6. veebruaril 1999, XLVI . Piirkondliku olümpiaadi toimumise täpsed kohad määratakse vastavalt sellest voorust osavõtjate elukohtadele. Täpsem informatsioon ja kutsed piirkondlikul voorul osalejatele saadetakse maakondade/linnade haridusosakondadesse. Lahenduste kontrollimine toimub sarnaselt koolivoorule. Piirkondlikule voorule lubatakse ka õpilased, kes mingil objektiivsel põhjusel ei saanud koolivoorul osaleda.
Olümpiaadi lõppvoor toimub 13.-14. märtsil 1999, XLVI Tartus. Lõppvooru kutsutakse õpilasi piirkondlike olümpiaadide ja 24.10.98 toimuva lahtise võistluse tulemuste põhjal (täpsem informatsioon ja tingimused kuulutatakse välja eraldi). Võistlus toimub 5-tunnise praktilise tööna IBM PC tüüpi arvutil. Võistleja poolt valitud programmeerimiskeele kompilaator on võistluse alguseks arvutile installeeritud. Igale võistlejale antakse ketas oma programmide salvestamiseks. Igale ülesandele tuleb esitada ainult üks lahendus, mis tuleb salvestada ülesande tekstis määratud nimega faili. Iga ülesande lahendus peab tervikuna sisalduma ühes lähtefailis. Koostatud programm peab lugema andmeid tekstifailist ja väljastama vastuseid vastavalt ülesande tingimustele ekraanile või tekstifaili täpselt ülesande püstituses antud formaadis. Töö ajal ei ole osavõtjal trükkimise võimalust. Kaasatoodud ketaste ja trükitud materjalide kasutamine ei ole lubatud. Olümpiaadi ajakavas on ette nähtud aeg programmide tööga tutvumiseks ja apellatsioonideks. Sellel ajal võib osavõtja kopeerida programmid ka oma kettale. Protestid lahendab zürii, kelle otsus on lõplik.
Kõik lõppvooru kutsutud õpilased kindlustatakse tasuta toidu ja vajadusel öömajaga. Sõidukulud ja õpilastega kaasas oleva saatja komandeerimiskulud katab lähetaja.
Olümpiaadi lõppvooru tulemuste põhjal valitakse kandidaadid Eesti võistkonda Balti informaatikaolümpiaadile Riias ja rahvusvahelisele informaatikaolümpiaadile Türgis. Rahvusvahelisest olümpiaadist võivad osa võtta ka need, kes on selleks ajaks keskkooli lõpetanud. Kandidaate valitakse töö taseme põhjal nii noorema kui vanema vanuseklassi võistlejate hulgast (IOI toimub ainult ühes vanuseklassis). Kandidaatidele korraldatakse täiendavad õppused ja võistkond valitakse lõplikult rahvusvahelise olümpiaadi tasemele vastavate ülesannetega katsevõistlustel.
Informaatikaolümpiaadi kõigil kolmel voorul on võistlejatel võimalik kasutada programmeerimiskeeli BASIC, Pascal ja C/C++. Kuna kõigis arvutiklassides pole kõigi kompilaatorite kasutamise võimalust, peab iga võistleja registreerumisel teatama, millist programmeerimiskeelt ja kompilaatorit ta kasutada soovib ja lahendama kõik ülesanded valitud töökeskkonnas. BASICus programmeerimiseks on võimalik kasutada MS QBasic 1.1 interpretaatorit. Pascalis programmeerimiseks on võimalik valida Turbo Pascal 7.0 ja GPC 2.0 vahel. C/C++ kasutajatel on valida Turbo C++ 3.1 ja DJGPP 2.0.1 vahel. GPC ja DJGPP juurde kuulub ka töökeskkond RHIDE 1.4b.
QBasic on kaasas nii MS-DOSi kui ka MS Windows 95 kui ka MS Windows NT installatsioonidega, seega peaks QBasic kõigis koolides olemas olema. Kuna nii Turbo Pascal kui ka Turbo C++ on kommertsiaalsed tarkvaraproduktid, on nende kasutamine võimalik ainult koolides, kuhu need paketid on ostetud. Koolid, kus Pascali ja C/C++ kompilaatoreid ei ole, võivad GPC ja DJGPP leida nende kodulehekülgedelt (vastavalt http://agnes.dida.physik.uni-essen.de/~gnu-pascal/ ja http://www.delorie.com/djgpp )